Организация основана в 1879 королевой Викторией после её встречи с Десятым Доктором и оборотнем в поместье Торчвуд. Поняв, что у Британии есть враги за пределами Земли (включая Доктора, по мнению Её Величества), королева основала тайную организацию по изучению и борьбе с инопланетными угрозами — Институт Торчвуд. Доктор был вписан в чартер Торчвуда как враг Короны. В 1882 Виктория добавила в полномочия института поиск и изъятие инопланетных технологий («если это чужое, то оно наше»).

Джек был завербован двумя сотрудницами первого Торчвуда в начале прошлого века. Хотя он не поддерживал методы Торчвуда, у него не было выбора. После открытия кардиффского отделения, Харкнесс был переведён в Торчвуд-3. В последнюю новогоднюю ночь XX века, начальник Торчвуда-3 сошёл с ума и убил всех членов команды, включая себя, оставив отделение Джеку. Джек порвал все связи с главным отделением, хотя он всё ещё сотрудничает с другими агентствами, такими как UNIT.

                                                                                     О Джеке

Перед тем, как покинуть Доктора, он думает, каким он станет в будущем, ведь хоть он и бессмертный, его тело продолжает медленно стареть. Он также рассказывает, что был первым членом Агентства Времени, и за красивое лицо получил прозвище «Лицо Бо», что оставляет Доктора и Марту в шоке, ведь они встречались в далёком будущем с загадочным древним инопланетянином по имени Лицо Бо, которому по преданию было более миллиарда лет. По словам продюсеров, этот намёк был лишь выдумкой Рассела Т. Дэвиса и не является каноническим, то есть Джек и Лицо Бо — две разные личности, тем более что Лицо Бо умирает в конце серии «Пробка», а Джек — бессмертен.

Агенты Торчвуда
В 1899 году внимание Торчвуда в Кардиффе привлек Джек Харкнесс (серия "Осколки"), который посещал место разлома и спрашивал местных жителей о Докторе. Двое сотрудников института, Эллис Гаппи и Эмили Холройд, поймали Джека, допросили его под пытками о Докторе, а затем заставили его работать на организацию. Джек был внештатным сотрудником Торчвуда в течение века. Через несколько лет (в 1901 году), когда Джек уже работал на Торчвуд, Эллис Гаппи и Чарльз Гаскелл обнаружили закопанного в земле другого Джека Харкнесса. Этот Джек был заморожен по его же распоряжению и хранился в институте в течение 107 лет, чтобы не встретиться с самим собой.
О деятельности Торчвуда в 20 веке известно не очень много. Некоторые сведения о его деятельности во время первой Мировой войны можно почерпнуть из серии "До последнего человека". Можно сказать, что эта организация была достаточно прогрессивной для своего времени в вопросах гражданских прав женщин и расовых меньшинств (большое количество женщин среди сотрудников, в 1901 году появляется темнокожий сотрудник по имени Чарльз Гаскелл – возможно, он даже руководитель организации).
В 1983 году Торчвуд приобретает дилерскую компанию "H.C. Clements". В 1996 году Торчвуд сбивает инопланетный корабль "Jathar Sunglider", и из его обломков в Лондоне было создано и установлено энергетическое орудие.
В канун миленниума руководитель кардиффского филиала института Алекс Хопкинс под воздействием инопланетного атрефакта убивает всех сотрудников, кроме бессмертного Джека, а затем совершает самоубийство. По словам самого Алекса, это был, скорее, акт милосердия на пороге 21 века – новое столетие принесет глобальные перемены, к которым человечество не готово. Став руководителем института Торчвуд в Кардиффе, Джек обрывает связь с лондонским отделением и не поддерживает их агрессивную политику в отношении инопланетной жизни. За несколько лет Джек собирает собственную команду, в которую входят Сьюзи Костелло, Тошико Сато и доктор Оуэн Харпер.
К 2006 году о существовании Торчвуда уже известно Министерству обороны и полиции Великобритании. По всей видимости, факт существования Торчвуда скрывается от премьер-министра и ООН, однако премьер-министр Гарриет Джонс знала о нем. Она приказала майору Ричарду Блейку из UNIT сообщить Торчвуду о прибытии сикораксов на Рождество.
В 2006 году по приказу Гарриет Джонс Торчвуд использовал орудие с "Jathar Sunglider" для того, чтобы уничтожить космический корабль сикораксов.
--------------------------------------------------------------------------------

2007–2009
Доктор узнал о существовании Торчвуда в финале серий "Army of Ghosts" и "Doomsday". На тот момент у Торчвуда было программное обеспечение, блокирующее поиск информации в Интернете относительно инопланетной активности ("School Reunion"). В минутной аннотации к серии "Army of Ghosts" (TARDISODE) были показаны агенты Торчвуда, которые работали с журналистом, пытавшимся получить информацию об институте, и в итоге отправили его в психиатрическую лечебницу.
Во время расследования причин возникновения "призраков" Доктор выяснил, что они появляются из небоскреба, где расположена штаб-квартира лондонского отделения Торчвуда. Сотрудники института берут Доктора в плен – для них он источник обширных сведений, знакомый с инопланетными технологиями, которыми можно воспользоваться на благо организации.
Высота Башни Торчвуд (One Canada Square) – 660 футов (201б,168 м) над уровнем моря. В Торчвуде знали о том, что на этой высоте находился пространственный разлом, и ставили над ним эксперименты, но не знали, что причиной этого разлома было появление в нашей Вселенной корабля, предназначенного для путешествия между параллельными вселенными. Цель экспериментов Торчвуда заключалась в исследовании возможности использования энергии разлома и сокращении зависимости от нефти, поставляемой с Ближнего Востока; из-за неосторожных действий сотрудников института разлом увеличился в размерах, и через него в наш мир смогли проникнуть киберлюди. Киберлюди постепенно проникали в Торчвуд, захватывая сотрудников, а затем овладели организацией целиком и расширили разлом настолько, что через него на Землю проникли миллионы киберлюдей.
Тем не менее, корабль, о котором говорилось выше, был создан не киберлюдьми, а далеками. Сотрудники Торчвуда, оказавшиеся на поле битвы между двумя инопланетными расами, были или убиты, или превращены в киберлюдей (в том числе и руководитель организации Ивонна Хартман). Лондонский Торчвуд потерял 796 сотрудников (выжило только 27 человек), и был окончательно закрыт королевой Елизаветой II.
В серии "The Runaway Bride" рассказывается о том, что дилерская фирма "H. C. Clements", в которой работала Донна Ноубл, была ни чем иным как прикрытием для Торчвуда. На нижнем уровне здания компании находилась секретная лаборатория, в которой велись работы по воссозданию частиц хьюона. Начальник отдела кадров компании, Лэнс Беннетт, в течение нескольких месяцев подмешивал в кофе Донны эти частицы, чтобы затем принести ее в жертву императрице Ракносса. Лэнс, однако, действовал не от имени Торчвуда, поскольку тот был закрыт ранее королевой.
В 2007 году, после закрытия лондонского Торчвуда, руководитель кардиффского отделения капитан Джек Харкнесс принимает на работу бывшего научного сотрудника лондонского института Янто Джонса. Поскольку лондонский Торчвуд, руководящая организация, закрыт, Джек де факто является абсолютным лидером. Джек и его сотрудники самостоятельно проработали уже в течение года, когда на работу была принята Гвен Купер и когда совершила самоубийство заместитель Джека Сьюзи Костелло.
В серии "The Sound of Drums" Джек говорит Доктору о том, что лондонского Торчвуда больше нет, и на территории от Уэльса до Шотландии осталось не более 10 сотрудников. Он возрождает Торчвуд не как средство борьбы с Доктором, а как организацию, вновь созданную в его честь, с новым режимом работы и менее агрессивной политикой. Тем временем журналистка Вивьен Рук из газеты "The Sunday Mirror" проводит от имени Торчвуда расследование деятельности мистера Сэксона - кандидата в преьмер-министры. Сэксон, оказавшийся давним врагом Доктора - Мастером, - отправляет сотрудников Торчвуда в Гималаи на ложную миссию, чтобы они не могли помочь Доктору и Джеку.
Позднее сотрудники кардиффского отделения Торчвуда борются с далеками во время их второго вторжения на Землю. Им удается установить контакт с Доктором с помощью кардиффского разлома, а затем поучаствовать в возвращении Земли на ее исконное место вместе с К-9 и Сарой Джейн Смит.
--------------------------------------------------------------------------------

Будущее
В 2012 году Торчвуд – уже достаточно известная организация, о ней упоминается во время трансляции Олимпийских игр 2012 года.
В 42-м веке Торчвуд отправляет группу ученых для исследования загадочного источника энергии, позволяющего планете вращаться по стабильной орбите вокруг черной дыры.
К 2002 веку на руинах института Торчвуд построена Великая Кобальтовая Пирамида.
--------------------------------------------------------------------------------

Параллельная вселенная
В серии "Rise of the Cybermen" рассказывается о еще одном институте Торчвуд. Это достаточно открытая организация из параллельной Вселенной. Руководящие посты в ней занимают Пит Тайлер и Микки Смит. В серии "Doomsday" рассказывается о том, что этот институт также проводил исследования пространственно-временного разлома, что привело к вторжению киберлюдей в нашу Вселенную и битве при Кэнари-Уорф. Роза Тайлер, спутница Доктора, попав в параллельную Вселенную, также работает на эту организацию.